高职教育的高质量发展离不开高优化的治理结构，只有建立科学的治理结构才能有效促进高职院校教育教学改革，实现高职教育人才培养的核心目标。因此，明确治理结构核心和决策主体、有效发挥二级部门管理职能和强化章程引领是推动高职院校教育教学改革的关键。文章提出以人才培养为治理结构体系与教学改革的最终目标，加强章程的制度化对各类教育教学改革护航，妥善处理行政权力与学术权力之间关系的发展对策。